نفقات البرنامج هي تلك المصروفات المتكبدة من أجل تقديم برامج محددة وفقًا لمهمة الكيان غير الربحي. تختلف هذه المصروفات عن الفئات الرئيسية الأخرى للمصروفات الخاصة بالمنظمة غير الربحية ، والتي تتمثل في مصاريف جمع الأموال والنفقات الإدارية والتنظيمية. يرغب المانحون في رؤية نسبة عالية من النفقات يتم تكبدها في مجال نفقات البرنامج ، مما يشير إلى مستوى عالٍ من كفاءة المهمة.